기업부설연구소/연구개발전담부서 신고요건과 혜택 알아보기

현재 중소기업에 대한 세액공제/감면규정은 다양하지만, 각 규정별로 정해진 요건을 충족시켜야 하기 때문에 실제 혜택은 받는 기업은 그리 많지 않습니다. 이에 비교적 쉬운 절차로 세제 혜택을 받을 수 있는 '연구소 설립신고 제도'에 관심을 가지는 기업들이 크게 늘고 있는데요! 다른 공제/감면제도와 달리 연구소 또는 전담부서를 설립해서 신고만 하면 혜택을 받을 수 있기에 보다 수월하게 활용이 가능한 제도입니다.

■기업부설연구소/연구개발전담부서 대상

영리를 목적으로 생산, 유통 또는 서비스를 공급하는 각종 기업
「상법」을 적용받는 개인기업, 합자, 합명, 주식회사 등 영리활동이 목적인 기업
「공기업의 경영구조 개선 및 민영화에 관한 법률」을 적용받는 정부출자기관
「지방공기업법」을 적용받는 지방공기업
특별법에 의해 영리를 목적으로 설립된 업종 단체
「중소기업협동조합법」에 의한 중소기업협동조합
「농업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 의한 영농조합법인
​정부에선 국내 기업의 연구개발활동을 보다 효율적으로 지원하기 위해 ​'기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률'에 의거하여 일정한 기준을 충족시킨 기업의 연구기관(부서)을 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정하여 다양한 혜택을 주고 있습니다.

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■기업부설연구소/연구개발전담부서 혜택 

기업에서 연구기관 및 부서를 설립한 뒤, Koita(한국산업기술진흥협회) 사이트에서 설립신고를 마치면, 요건 충족 여부 등을 검토하여 보완사항이 없을 시 인증서가 발급됩니다. 이렇게 연구소 및 전담부서를 설립한 기업은 다음의 세제혜택을 받을 수 있는데요!​

조세특례제한법 제10조에 따라 연구개발비로 지출한 비용에 대해 세액공제를 받을 수 있습니다. 중소기업의 경우, 1) 당해연도 발생액의 25% 또는 2) 당해연도 발생액에서 직전 과세연도 발생액을 차감한 금액의 50% 중 하나를 선택하여 적용할 수 있습니다. 다만 2)의 경우, 해당 과세연도의 개시일로부터 소급하여 4년간 연구인력개발비가 발생하고, 직전 과세연도 발생액이 지난 4년간 연평균 발생액보다 큰 경우에만 적용 가능합니다.


또 하나 주목해야 할 부분은, 연구인력에 대한 인건비 지원 혜택입니다. 연구소나 전담부서를 보유한 중소기업이 이공계 학사, 석사, 박사 출신의 사람을 연구인력으로 채용했을 때, 연간 인건비의 50%를 지원받게 됩니다. 다만 지원규모가 정해져 있으며, 직접 신청해야만 인건비 지원을 받을 수 있습니다. 다만 신청절차나 요건 등이 쉬운 편이어서 지원받기가 비교적 수월하기 때문에 인건비 부담이 큰 중소기업이라면 반드시 신청해서 혜택을 받는 것이 좋습니다.

기업부설연구소와 연구개발전담부서는 세제혜택 부분에서 큰 차이는 없지만, 부동산 지방세 감면이나 연구원의 연구활동비 소득공제, 전문연구요원제도 등의 혜택은 기업부설연구소만 받을 수 있습니다.

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■기업부설연구소/연구개발전담부서 설립절차 

또 하나의 차이는 설립신고 요건 중 인적요건에 있습니다. 연구개발전담부서는 연구인력 1명으로도 설립이 가능하지만, 연구소의 경우 기업규모에 따라 최소 2명~10명 이상 필요합니다. 연구인력 확보가 가능한 상황이라면 연구소로 신고하는게 낫지만, 그렇지 않은 경우에는 연구전담부서로 신고하는 것이 좋습니다.

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■기업부설연구소/연구개발전담부서 물적요건

다만 연구소든 연구개발전담부서든 일단 설립을 했다면 이후의 관리에 상당한 노력이 필요합니다. 기업정보나 연구소의 정보가 변경된 경우, 변경신고사항이 발생한 날로부터 30일 이내에 변경신고를 해야 합니다. 만약 기한 내 변경신고를 하지 않거나 허위 또는 부정한 방법으로 신고한 경우 연구소 및 전담부서 설립이 취소되고, 1년간 재신고를 할 수 없습니다.

더욱이 불시에 나오는 현지조사 과정에서 연구개발활동을 제대로 수행하지 않거나 인정요건 미달 사실이 드러날 경우 직권취소되어 그동안 혜택받은 세금을 추징당할 수도 있습니다. 이처럼 연구개발 목적이 아닌, 세액공제 또는 인건비 지원을 위해 연구소 또는 전담부서를 설립한 경우 인정 취소될 가능성이 높기 때문에 전문가의 도움을 받아 제대로된 운영관리 계획을 세우는 것이 좋습니다.